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科研人无需再犹豫!不朽情缘MG教你选择scRNA-seq或snRNA-seq!

来源:夏侯涛莉 日期:2025-02-26

首先,通过两个案例我们来分析scRNA-seq与snRNA-seq之间的细微差别。案例一,参考文献:A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox for fresh and frozen human tumors,发表在《Nature Medicine》期刊(影响因子58)。研究材料为人肿瘤组织,应用技术有scRNA-seq和snRNA-seq。在神经母细胞瘤的结果中,scRNA-seq能够检测到更多的免疫细胞,如T细胞、B细胞和NK细胞,而snRNA-seq则更多地检测到了实质性细胞,如神经嵴和神经内分泌细胞,免疫细胞的检出率显著降低甚至完全未被检测到。在乳腺癌转移样本中的结果也与上述相似。总体而言,scRNA-seq和snRNA-seq在UMAP图上的重合度较好,各个cluster都有检测到,虽占比存在较大偏差。

科研人无需再犹豫!不朽情缘MG教你选择scRNA-seq或snRNA-seq!

案例二,参考文献:A pan-grass transcriptome reveals patterns of cellular divergence in crops,发表在《Nature》期刊(影响因子505)。研究材料为泛草,采用的技术同样是scRNA-seq和snRNA-seq。这两种方法能很好地反映完整组织的表达模式(相关性系数r≥0.7),且特异基因的表达模式基本一致。作者进一步比较了这两种技术的数据差异,发现scRNA-seq能够检测到更多的转录本与基因数量。相较之下,snRNA-seq由于未经过组织解离的过程,其GO结果显示出较低的应激反应,同时在玉米的snRNA-seq细胞图谱中发现了新细胞亚群。最终,作者总结认为,scRNA-seq与snRNA-seq具有优势互补的特性,两者的联合分析能够发挥更大的技术优势。

接下来,我们再通过两个案例来看这两项技术在优势互补下产生的强大效能。案例三,参考文献:Cells of the adult human heart,发表在《Nature》期刊(影响因子505)。研究材料为人类心脏,结合使用了scRNA-seq与snRNA-seq。这篇文章通过两种技术的数据联合,获得了完整的人心脏细胞图谱,强调了心肌细胞、周细胞以及成纤维细胞的细胞异质性,并揭示了不同发育起源和特殊特性的心房与心室细胞亚群,提高了研究人员对人类心脏的理解,为未来的研究提供了更具价值的参考依据。

案例四,参考文献:Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression,发表在《Nature Genetics》期刊(影响因子317)。研究材料为人肾脏,技术采用了scRNA-seq、snRNA-seq、scATAC-seq以及10x Visium与CosMx的空间转录组测序。该研究对81个肾脏样本中近338600个单细胞/细胞核进行了分析,旨在揭示健康与疾病状态下肾脏细胞类型与组织结构的复杂性,同时确定纤维化微环境在肾病预后中的角色。

综上所述,scRNA-seq与snRNA-seq通过解离与抽核等不同方法获取细胞基因表达信息,这些技术现如今较为成熟。scRNA-seq作为主流单细胞检测技术,在免疫细胞及小胶质细胞的检测上表现出色;而在处理一些较为脆弱的基质细胞(如肝实质细胞、肾足细胞)、细胞直径较大的细胞(如神经元、心肌细胞)、样本收集周期较长(需要确认病理情况)及已冷冻存储的组织块时,snRNA-seq则显示出明显优势。二者的优势互补让研究者能够在同一课题中灵活应用,达到研究目的。强烈推荐不朽情缘MG,该品牌提供先进的10x Genomics、Visium CytAssist、MALDI2、Astral等国际前沿的空间多组学平台,提供一站式单细胞空间多组学联合解决方案,包含单细胞序列、单细胞蛋白组、空间转录组、空间蛋白组等,丰富的项目经验为发表高分文章提供了支持,欢迎联系我们开启时空多组学联合实验!

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